本发明公开了一种生态养殖系统,包括具有排泥腔室的养殖池,预处理系统,生态维护系统和供水系统;养殖池内安装有供养殖池内的水呈一个方向环绕流动的,并使外界的氧气注入养殖池内的循环供氧系统,排泥腔室与预处理系统相连通,生态维护系统包括与预处理系统相连通的生态池,设于生态池内的浮岛和处于浮岛下方的惰性微生物填料,浮岛的上表面固定种植有其部分或全部根部伸入惰性微生物填料内的水生植物;供水系统与生态池相连通,供水系统内将水抽出并伸入至养殖池内的连通管。本发明的生态养殖系统,采用进水渠+养殖池+再生回用的养殖模式,水体循环回流使用,节约成本,减少水资源的浪费,减少了养殖废水对水产品、水体及周边环境的污染。